福州有两个集装箱港区，一个是位于马尾的青州和海盈集装箱码头，另一个是位于福清江阴的新港集装箱码头。 马尾港区主要靠泊福州到厦门、高雄、宁波和香港的支线船舶，唯一靠泊马尾的干线船舶是瑞洋海运经营的日本航线 江阴港区除了靠泊马尾港区的支线大部分也靠泊江阴港区外，干线船舶也都挂靠江阴港。